. 今回の敵は秘密結社『B.H.B 団』 …総帥の名はルキフェルス……。 B.H.B 団はブラックホールを作り出し、 惑星を呑み込み、宇宙に伝わる聖石である 『七つのエレメンタル』を集めていた。 一方ボンバーマンは惑星旅行に出かけ、 旅行中に見つけたタマゴとともに、 このブラックホールに呑み込まれてしまう……。 捕らえられたボンバーマンは、ボンバーマン星に伝わる、 ボムを生み出す力の源『炎のエレメンタル』を奪われてしまう。 なすすべもなく監禁されたボンバーマン。 そのとき、タマゴに異変が起った！

ストーリーモードのワールドセレクトマップ上に      SHOP SHIP (宇宙商船フロンティア）が新登場！！ 所持金で買い物が出来る。 販売品リスト　： １　カスタムパーツ（バトルで使用可） ２　ヒント（行き詰まりそうなところをデモで見せてくれる。） ３　バトルマップ（バトルのマップが増加する。） ４　ボンバーマンのパワーアップアイテム　　などなど

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