コンピュータ、または2Pを対戦相手にチェスや将棋のようにキャラクター（ボンバーマンユニット）を動かしてゲームを進めます。 特別な場合を除いてユニットは1回のターンで、移動とタイムカウント爆弾の配置の二つのアクションができます。タイムカウント爆弾には「これから何ターン後に爆発する」というカウントが表示されますので、敵の動きの先を読んで敵を爆風の中に誘い込むように追いつめていきます。守備よく敵を全滅させるか、敵の王（ステージボス）を倒せば勝ちです。 当然普通のボンバーマンのように自分が仕掛けた爆弾でも爆風に巻き込まれるとやられてしまいます。

敵を追いつめて爆弾で吹っ飛ばす！基本的な流れは今までと同じだ。

ボンバーマンウォーズには「クエストモード」と「バトルモード」のふたつのモードがあります。

クエストモードは物語に沿って様々な冒険をしてステージをクリアしていき最終的には敵「ダークボンバー」を大団円となります。 バトルモードはコンピュータや2Pと対戦し勝敗を競います。 対戦フィールドは普通のボンバーマンと同じように選択可能で、各フィールド毎に異なった戦略が必要になります。

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